עמותת כוכבי המדבר היא עמותה ששמה לה למטרה לפתח דור חדש של מנהיגות בקרב החברה הבדואית בנגב. מנהיגות שצומחת מתוך החברה הבדואית ופועלת בתוכה לקידום החברה הבדואית וליצירת חברה ישראלית צודקת ושוויונית יותר. במסגרת פעילות העמותה נבחרים צעירים בני 18 מכל החברה הבדואית בנגב ועוברים שנה אינטנסיבית של מכינה למנהיגות בתנאי פנימייה. בשלב השני צעירים אלה ממשיכים לאקדמיה ושם מקבלים ליווי צמוד מטעם האגודה. בשלב השלישי עוזרת העמותה לצעירים להשתלב בשוק העבודה בכדי ליצור מנהיגות בדואית צעירה שתאפשר צמיחת יוזמות עסקיות וחברתיות חדשות למען כלל תושבי הנגב.
מרכז ג'ו אלון וכוכבי המדבר חברו יחד למימוש ומינוף חזון מנהיגותי זה מתוך ערכים משותפים של חברה משותפת בנגב.